Es hijo del ministro ruso Maximilien Philonenko. Pasó su infancia en Saint-Mandé y realizó sus estudios secundarios en el Lycée Voltaire.
Recibido por primera vez en la agrégation en filosofía en 1956, pasó un año en el lycée Fustel de Coulanges , en Estrasburgo. Llamado en Argelia, con un médico militar, Laurent, que escribió en 1959 , un folleto de Morón mental en el mundo del trabajo . Luego fue asistente en la Sorbona de Ferdinand Alquié en la historia de la filosofía . Defendió en 1966 su tesis sobre la libertad humana en el pensamiento moral y político de Fichte. Profesor de la Universidad de Caen, luego profesor en Rouen, pero al mismo tiempo profesor en la Universidad de Ginebra . Es un especialista en filosofía alemana .
Al comienzo de su carrera, su investigación se centró principalmente en Kant y Fichte , a los que Alexis Philonenko abordó desde un nuevo ángulo, tendiendo a subrayar interdependencias previamente desconocidas. En particular, se ha renovado la visión de la filosofía fichteana y la síntesis quíntuple aparece como clave esencial para el desciframiento de muchos textos. En 1967 publicó con Vrin una traducción de las Reflexiones sobre la educación de Kant, con un ensayo titulado “Kant y el problema de la educación”.
Autor de filigrana de una historia de la filosofía de la guerra, de la que publicó ciertos capítulos en Guerras y paz y Estudios polemológicos (Kant, Fichte, Tolstoi , Maquiavelo , Hegel , Bergson , De Gaulle ), posteriormente recopilado por Vrin. Siempre está agradecido por el magisterio polemológico de Gaston Bouthoul y René Carrère.
